Vigilância de bactérias resistentes a antibióticos integrando sequenciamento total do genoma e informações epidemiológicas - uma revisão global sistemática, 2012-2023

Infectologia

Revisão sistemáticaNível 1 · Evidência consolidadaAntimicrobial resistance and infection control24 set 20260 citações

O que aconteceu

A vigilância epidemiológica é um dos pilares dos esforços globais para impedir a disseminação de bactérias resistentes aos antibióticos (ARB) e inclui cada vez mais sequenciamento do genoma inteiro (WGS). No entanto, nenhuma revisão analisou sistematicamente as características desses sistemas de vigilância até fevereiro de 2025. Realizou-se uma revisão sistemática para identificar e descrever sistemas de vigilância de rotina de BRA, que integram WGS e informações epidemiológicas. Um protocolo foi desenvolvido e publicado no PROSPERO. Foram pesquisadas 8 bases de dados e Google. Inclui artigos necessários para informar sobre um sistema de vigilância nacional ou subnacional e incluir dados epidemiológicos, bem como WGS de Enterobacterales (CRE) ou Acinetobacter spp., Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) ou Enterococci resistente à vancomicina (VRE). As características do sistema de vigilância foram analisadas narrativamente.

O que encontraram

Dos 13.142 artigos pesquisados, 41 foram incluídos. As publicações foram estratificadas por patógeno. Os estratos demonstraram abordagens semelhantes da WGS com predomínio de plataformas de sequenciamento de leitura curta. Os métodos de digitação incluíram principalmente a digitação de sequências multilocus e análises baseadas em polimorfismos de nucleotídeo único para maior discriminação. Os limiares de agrupamento relatados apresentaram uma ampla gama de valores dentro e entre as espécies. Nos estratos, muitas vezes houve baixo nível de coleta de dados epidemiológicos, como exposição de casos, e integração nas análises de clusters. A vigilância da WGS complementada com pelo menos dados epidemiológicos básicos foi relatada nas seis regiões da OMS para o CRE. No entanto, menos estudos e nenhum estudo para MRSA e VRE foram incluídos nas regiões africana, oriental do Mediterrâneo e sudeste asiático. A cobertura nacional de vigilância variou de 36% para MRSA a 56% para CRE.

Por que isso importa

A vigilância baseada na WGS em BRA é empregada em todo o mundo com uso predominante de tecnologia de leitura curta e métodos de digitação bastante consistentes. A variação substancial dos limiares genômicos de agrupamento sublinha a necessidade de normas harmonizadas internacionalmente para a análise dos dados. Informações epidemiológicas insuficientes ou falta de integração na análise dos dados da WGS podem reduzir a capacidade de inferir vias de transmissão e identificar surtos. Para explorar plenamente o potencial dos sistemas de vigilância baseados na WGS neste contexto para a saúde pública e conter atuais e prevenir futuros surtos, solicitamos, assim, uma coleta rotineira de dados epidemiológicos detalhados.

Tradução automática do resumo original, publicado em Antimicrobial resistance and infection control sob licença CC BY. Os números são conferidos contra o original; siglas e termos técnicos podem variar.

O estudo original

Surveillance of antibiotic-resistant bacteria integrating whole genome sequencing and epidemiological information - a global, systematic review, 2012-2023

Felix Reichert, Mark Perry, Mirco Sandfort, Sebastian Haller, Dunja Said, Tim Eckmanns, Kevin McDermott, Caro Noake, Robert Wolff, Jörg B Hans

Descritores MeSH

Whole Genome Sequencing
Bacteria
Drug Resistance, Bacterial
Epidemiological Monitoring
Genome, Bacterial
Vancomycin-Resistant Enterococci
Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus
Anti-Bacterial Agents
Multilocus Sequence Typing
Humans