Caracterização molecular de um surto de sepse neonatal Klebsiella pneumoniae em um hospital rural de Gâmbia: uma investigação retrospectiva de epidemiologia genômica
PreprintInfectologiaPré-publicação. Ainda não revisada por pares; não deve orientar conduta.
O que aconteceu
Klebsiella pneumoniae é uma causa comum de sepse neonatal na África, sendo frequentemente adquirida no hospital. Recentemente, relatamos um surto de sepse multirresistente de K. pneumoniae em neonatos em um hospital rural em Gâmbia, África Ocidental, envolvendo 57 casos e fatalidade de 60%. Aqui realizamos um estudo retrospectivo de epidemiologia genômica de patógenos clínicos e ambientais de K. pneumoniae isolados durante o surto, para identificar a cepa do surto, refinar a curva epidêmica, confirmar as fontes ambientais de contaminação, monitorar o controle do surto e caracterizar a cepa do surto no contexto da população de patógenos locais e globais.
O que encontraram
Foram sequenciados todos os isolados de hemocultura identificados como K. pneumoniae de pacientes com idade entre 0-59 meses (n=51 disponíveis, 77% de neonatos), juntamente com K. pneumoniae cultivados a partir de amostras ambientais durante a investigação do surto (n=16), e 56 isolados de hemocultura armazenados disponíveis na década anterior (34 de neonatos). A sequenciação foi realizada usando células de fluxo Oxford Nanopore Technologies (ONT) Mk10 e um instrumento PromethION, produzindo genomas majoritariamente completos (79%). A análise genômica revelou 23% dos isolados foram K. quasepneumoniae e identificou a cepa de surto como K. pneumoniae ST39 com locus capsular (K) KL62. Essa cepa foi responsável por 29 casos (16 mortes) e foi identificada em três amostras de fluidos intravenosos coletados na enfermaria neonatal durante a investigação. Ele abrigava um plasmídeo de ~187 kbp IncF carregando o gene beta-lactamase de espectro estendido (ESBL) blaCTX-M-15 e aac(3)-IId, codificando resistência às cefalosporinas de terceira geração e gentamicina, respectivamente. A estirpe de surtos não foi identificada entre isolados de vigilância histórica, sendo distinta da estirpe KL23-ST39 responsável por um surto anterior no Hospital de Ensino Pequeno Sir Edward Francis, em Banjul, capital do país, 7 anos antes. Comparando a cepa do surto com dados do genoma disponível publicamente para ST39 e sua sublinhagem associada (SL) 39, observamos que o SL39 diversificou-se em três grupos clonais comuns, cada um associado a múltiplos tipos de K, que se espalharam pela África, Ásia e Europa e têm sido associados a surtos de sepse neonatal na África e em outros lugares. Encontramos que SL39 é tipicamente multirresistente, porém os genes específicos ESBL e carbapenemase variam pela localização geográfica.
Por que isso importa
O sequenciamento do genoma inteiro do patógeno refinou nosso entendimento do surto, permitindo uma identificação mais precisa para refinar números de casos e cálculos de fatalidade, e para a identificação precisa de bolsas de fluidos endovenosas multiusos como fonte do surto, apesar de outras amostras serem positivas para cultura para K. pneumoniae não relacionada. Isso destaca a importância da prevenção e controle da infecção na redução das mortes neonatais em ambientes de baixo recurso, e o risco crítico associado aos reagentes e equipamentos multiusos ao cuidar de neonatos vulneráveis. A análise genômica permitiu identificar e caracterizar a cepa do surto em alta resolução, e, juntamente com dados globais, destaca o SL39 como um emergente clone multirresistente de alto risco, distribuído globalmente de K. pneumoniae, capaz de transmissão sustentada e alta fatalidade.
Tradução automática do resumo original, publicado em medRxiv sob licença CC BY. Os números são conferidos contra o original; siglas e termos técnicos podem variar.
O estudo original
Molecular characterisation of a Klebsiella pneumoniae neonatal sepsis outbreak in a rural Gambian hospital: a retrospective genomic epidemiology investigation
Ebenezer Foster-Nyarko, Alasana Bah, Williams Oluwatosin Adefila, Isaac Osei, Ousman Barjo, Rasheed A. Salaudeen, Shola Able-Thomas, Mariama Jammeh, Abdoullah Nyassi, Erkison E Odih et al.
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