Transcriptoma do hospedeiro de fezes revela estados de células epiteliais intestinais e dinâmica imune para diagnóstico e monitoramento gastrointestinal

O que aconteceu

O diagnóstico e a monitorização gastrointestinal dependem da colonoscopia, que requer anestesia e longa espera, e faltam alternativas não invasivas. Aqui mostramos que o sequenciamento do RNA do hospedeiro de fezes, recuperando uma mediana de 6300 genes codificadores de proteínas em 285 bibliotecas abrangendo câncer colorretal (CRC) e doença inflamatória intestinal (IBD), lesões pré-cancerosas (APL), e amostras normais, lê um censo das células derramadas no lúmen. Em amostras normais, o epitélio fornece 81% e as células imunes fornecem 11% dos transcritos de mRNA do hospedeiro fecal; a participação das células imunes aumenta no CCR e IBD, e os clones dos receptores de células B e T aumentam com ele. Neste trabalho, mostramos que a CRC, a DII e as amostras normais possuem perfis de transcriptomas distintos, que um modelo de três classes se separa com uma área sob a curva de 0,94-0,96, e que dentro da doença inflamatória intestinal um escore de neutrófilos de 15 genes rastreia a atividade endoscópica melhor do que a calprotetina fecal na mesma fezes.