Sequenciamento metagenômico de águas residuais não visadas de esgotos nos Estados Unidos

O que aconteceu

O monitoramento de águas residuais permite o rastreamento não invasivo em escala populacional de infecções comunitárias, independentemente do comportamento de busca de cuidados de saúde e diagnóstico clínico. O sequenciamento metagenômico amplia essa capacidade, permitindo uma ampla detecção de centenas de táxons virais, incluindo ameaças emergentes. Aqui, apresentamos dados da CASPER (Coalizão para Sequenciamento Agnóstico de Patógenos de Reservatórios Ambientais), uma rede de sequenciamento metagenômico de águas residuais baseada nos EUA projetada para monitoramento de patógenos profundos e não direcionados em escala nacional. Este lançamento inclui 1.206 amostras coletadas entre dezembro de 2023 e dezembro de 2025 de 27 locais em nove estados, cobrindo 13 milhões de pessoas. Seqüenciamento profundo (~1 bilhão de pares de leitura por amostra) gerou 1,2 trilhões de pares de leitura (358 terabases), capturando diversos vírus humanos, animais e vegetais, incluindo táxons raros. Dados CASPER rastreiam PCR digital de águas residuais e tendências clínicas de abundância para SARS-CoV-2, influenza A e vírus sincicial respiratório, e recupera dinâmicas variantes em escala nacional para SARS-CoV-2 e norovírus. Como o maior conjunto de dados de sequenciamento de águas residuais não visadas disponível publicamente até à data, a CASPER fornece um recurso compartilhado e crescente para a vigilância de patógenos e ecologia microbiana.