Sequenciamento de gene direcionado para genes candidatos ao câncer de cabeça e pescoço no estudo caso-controle do Nepal

O que aconteceu

O câncer de cabeça e pescoço (HNC) continua a ser uma grande carga mundial de câncer, com alta incidência e mortalidade em países de baixa e média renda. Embora várias variantes genéticas associadas ao risco de HNC tenham sido identificadas, genes de predisposição ao câncer em populações sub-representadas permanecem pouco compreendidos. Realizou-se estudo de caso-controle de base hospitalar no Hospital de Câncer Memorial B.P. Koirala no Nepal com 315 casos de CCN e 323 controles. Os dados demográficos, estilo de vida e clínicos foram coletados por meio de entrevistas presenciais. Foi realizado sequenciamento gênico direcionado de 493 genes de risco HNC candidatos, seguidos de análises de associação baseadas em genes e vias, e anotação clínica das variantes identificadas. Consistente com achados anteriores, a incidência de CNF aumentou significativamente com o uso de álcool e cigarro, menor escolaridade e menor nível socioeconômico. Análises baseadas em genes identificaram vários genes com associações sugestivas antes do ajuste de múltiplos testes, incluindo HSPG2, KRT6B, SLC4A2 e FREM1. Da mesma forma, nenhuma via permaneceu estatisticamente significativa após o ajuste. Entretanto, identificou potenciais processos biológicos, incluindo organização da matriz extracelular, diferenciação epitelial e regulação da transcrição. A análise de seis genes de predisposição para o câncer (APC, BAP1, BRCA1, BRCA2, RAD51B e MUTYH) identificou variantes patogênicas e prováveis patogênicas com relevância clínica, embora não tenha sido observado enriquecimento significativo entre casos e controles. Este estudo fornece a primeira análise de sequenciamento direcionada combinada com dados epidemiológicos para o HNC na população nepalesa, um grupo de alto risco sub-representado. Embora não tenham sido identificadas associações genéticas significativas, foram detectadas variantes raras clinicamente relevantes. Estudos maiores em populações da Ásia do Sul são necessários para melhorar a detecção de variantes raras e para informar a avaliação de risco.