Remodelação do viroma gut após transplante de microbiota fecal está associada à covariação vírus-bactérias e resposta metabólica na obesidade e diabetes tipo 2

O que aconteceu

O transplante de microbiota fecal (MTF) modifica a composição bacteriana intestinal e melhora os resultados metabólicos em indivíduos com obesidade e diabetes tipo 2 (ObT2), mas as alterações bacterianas isoladamente não explicam totalmente a heterogeneidade na resposta clínica. Realizamos sequenciamento metagenômico enriquecido com partícula semelhante ao vírus (VLP), acoplado ao sequenciamento metagenômico de DNA em massa, em amostras fecais longitudinais de um ensaio controlado randomizado com FMT em ObT2. Usando a classificação florestal aleatória, as alterações do viroma pós-FMT mostraram acurácia comparável às alterações do bacterioma (84,8% vs 81,4%) na distinção dos respondedores LDL dos não respondedores. Foi detectado enxerto viral contíguo derivado de doadores em 64,7% (11/17) dos receptores que receberam TMF isoladamente e 58,8% (10/17) que receberam TMF com intervenção no estilo de vida (LSI), versus 5,6% (1/18) no grupo simulado com ISL. O TFM foi associado com aumento da diversidade de viromas, deslocamentos composicionais em direção ao viroma doador e associações vírus-bactérias coordenadas, com a maioria dos contíguos virais responsivos classificados como Caudoviricetes. Contíguos virais responsivos ao TFM que foram compartilhados entre os dois grupos TFM foram preditos para infectar Roseburia e Bifidobacterium, enquanto contíguos associados às respostas clínicas foram preditos para infectar Escherichia, Roseburia, Blautia e Enterococcus. Esses achados sugerem que o viroma intestinal é um componente ecológico complementar associado às respostas do TFM e aos desfechos metabólicos na ObT2.