Precisão diagnóstica de uma única reação, pan-lineage Lassa vírus RT-PCR em dois laboratórios nigerianos: um estudo de coorte retrospectivo e prospectivo

O que aconteceu

Informações A diversidade de nucleotídeos intra e interligados do vírus Lassa (LASV) tornou desafiador desenvolver um ensaio RT-PCR de reação única que possa detectar todas as variantes virais com sensibilidade igual. Avaliamos PANDAA(R) LASV, um teste de RT-PCR de pan-linhagem de reação única, em dois laboratórios de febre de Lassa nigerianos contra o RealStar(R) Lassa Virus RT-PCR Kit 2.0, o atual padrão diagnóstico na Nigéria, que requer duas reações separadas por amostra de pacientes para mitigar contra resultados falsos negativos. Metodologia e conclusões principais Realizou-se um estudo de acurácia diagnóstica utilizando amostras de plasma retrospectivas (n = 200) e prospectivas (n = 100) que foram coletadas de pacientes que atenderam à definição padrão de caso de suspeita de febre de Lassa para testes por PCR em tempo real no Hospital Universitário Abubakar Tafawa Balewa em Bauchi e Centro Médico Federal em Owo. A sensibilidade de PANDAA LASV(R) foi de 98,6% (138/140; IC 95% 94,9-99,8%), especificidade 99,4% (155/156; 96,5-100%) e acurácia 99,0% (293/296; 97,1-99,8%). A razão de verossimilhança positiva foi de 153,8 (21,8-1084,9) e a razão de verossimilhança negativa 0,01 (0,00-0,06). PANDAA Os valores de ct correlacionaram-se significativamente com o teste de referência alvo do gene L (rho de Spearman = 0,80; p < 0,0001) e alvo de GPC ({rho} = 0,69; p < 0,0001). Três resultados discordantes confirmados ocorreram em altos valores de Ct perto dos limites de detecção do ensaio. O desempenho foi consistente entre os locais com intervalos de confiança sobrepostos para sensibilidade e especificidade e não houve diferença nos valores medianos de Ct para qualquer alvo de ensaio entre laboratórios. Os valores de CT foram significativamente menores nos pacientes [≥] 45 anos (p = 0,008). Conclusões e Significado PANDAA(R) LASV demonstrou alta acurácia diagnóstica para detectar o RNA do vírus Lassa em comparação com o ensaio de referência de dupla reação. Reduzir a carga operacional de duas reações de PCR por amostra para uma única reação de LASV PANDAA(R) mantendo sensibilidade e especificidade equivalentes poderia ter um impacto direto nos custos de trabalho e reagente, e tempo de volta. A validação clínica contra linhagens adicionais de LASV é uma prioridade imediata.