O tratamento precoce da tuberculose remodela o mRNA sanguíneo e o pequeno RNA, e uma assinatura inicial do hospedeiro está associada à conversão precoce da cultura

O que aconteceu

A monitorização do tratamento da tuberculose (TB) baseia-se em ensaios microbiológicos baseados no escarro, que são lentos e fornecem uma visão limitada da resposta do hospedeiro. Os biomarcadores à base de sangue podem oferecer monitorização rápida e minimamente invasiva do tratamento. Foi realizada uma análise multi-ômica integrativa de amostras de sangue total pareadas coletadas no início do tratamento e quatro semanas após o início do tratamento em três coortes sul-africanas. Uma metanálise combinou dados de sequenciamento de RNA de GSE89403 (86 pares) e uma coorte prospectiva (11 pares), com concordância direcional avaliada em uma coorte de microarray independente, GSE31348 (27 pares). Na coorte prospectiva, microRNAs (miRNAs) e fragmentos derivados de tRNA (tRFs) foram sequenciados por sequenciamento de RNA pequeno. No GSE89403 (n = 76), foi desenvolvida uma assinatura de pares de pontuação k-top (EARLY5) usando validação cruzada de saída única para prever conversão de cultura de escarro semana-4 a partir de amostras basais. A meta-análise identificou 63 genes regulados concordantemente. Essas alterações refletiram atenuação de neutrófilos, programas inflamatórios e de complemento, e desconvolução mostraram diminuição de neutrófilos com aumento da população de células T e células NK. Sete miRNAs e oito TRFs codificados por nuclear mudaram durante o tratamento, incluindo o miR-144, associado ao eritróide, com interações candidatas identificadas computacionalmente envolvendo genes de complemento. EARLY5 identificou participantes que se converteram pela semana 4 com AUC cruzada de 0,76 e permaneceram associados à conversão após ajuste para carga bacteriana basal na regressão logística e realizaram comparativamente com as assinaturas de TB existentes. O tratamento precoce da TB induz remodelação coordenada do mRNA sanguíneo e pequenos perfis de RNA. Os perfis transcricionais iniciais do hospedeiro foram associados à conversão precoce da cultura após a contabilização da carga bacteriana, apoiando a avaliação adicional em coortes independentes.