O mapeamento global do RNA-RNA do interactome em B. burgdorferi revela sRNAs de base-pairing que rewire a expressão do gene através do crescimento

O que aconteceu

RNAs pequenos (sRNAs) são prevalentes em todo o reino bacteriano e produzem diversos efeitos regulatórios quando a base emparelha com RNAs alvo. Para melhor identificar sRNAs, nós projetamos um pipeline experimental e computacional que combina 5'RNA-seq, RNA-seq total e 3'RNA-seq análises para mapear globalmente sRNAs e identificar suas 5' e 3' extremidades. Aplicou-se essa abordagem a Borrelia burgdorferi, agente etiológico da doença de Lyme, onde os RNAs emparelhadores de base não são caracterizados. Essa análise resultou em centenas de candidatos ao sRNA, alguns dos quais apresentaram diferenças dependentes da fase de crescimento na abundância e processamento e foram expressos durante uma infecção ativa em camundongos. Para predizer globalmente as redes regulatórias do sRNA de B. burgdorferi, utilizamos o fluxo de trabalho Hi-GRIL-seq, no qual os RNAs proximais são ligados na bactéria e sequenciados, resultando em centenas de pares potenciais alvo do sRNA. O mapeamento dessas interações sRNA-RNA através do crescimento revelou uma extensa rede de sRNAs que se baseiam em pares com diferentes alvos de RNA, dependendo da fase de crescimento. A regulação base-pairing para três tais sRNAs foi caracterizada em detalhe: uma interação sRNA-sRNA, um sRNA previsto para ligar 92 alvos, e um sRNA que se liga diretamente e desregula níveis de ospA, o mRNA que codifica o carrapato essencial e mamífero-imunogênico proteína de superfície externa A. Coletivamente, este trabalho revelou uma abundância de candidatos sRNA que contribuem para uma rede regulatória dinâmica no patógeno da doença de Lyme.