CyriPanel para genotipagem do CYP2D6 a partir de painéis de captura direcionados usando referências de diploides compatíveis com testes

O que aconteceu

O sequenciamento de captura direcionado complica a genotipagem do CYP2D6 porque a cobertura específica do ensaio afeta a estimativa do número de cópias, e a similaridade da sequência com o CYP2D7 obscurece as estruturas híbridas. O CyriPanel adapta o quadro paralog-aware de Cyrius e BCyrius utilizando referências diplóides compatíveis com o ensaio e um intervalo espaçador a jusante do CYP2D7 para inferência estrutural. O CyriPanel foi avaliado em 116 linhagens de células de Consórcio de Referência do Pangenome Humano sequenciadas com um painel de captura personalizado, utilizando como padrão de referência os diplótipos derivados de montagem. Foram amostrados painéis de 5, 10 e 20 referências em 30 iterações aleatórias por coorte e alinhador. Aldy 4 utilizou cada referência elegível individualmente. As chamadas CyriPanel foram contadas como concordantes quando qualquer candidato registrado correspondeu ao padrão de referência, enquanto Aldy 4 foi pontuado usando seu diplotipo principal retido único. Nenhuma chamada foi marcada como discordante. Com cinco referências CyriPanel, a concordância média por amostra foi de 94,7% com BWA-MEM e 94,5% com DRAGEN, em comparação com 88,7% e 92,2% para Aldy 4. A necessidade de um único candidato ao CyriPanel reduziu a concordância para 91,3% e 91,1%, respectivamente. Entre 28 amostras híbridas, a concordância foi de 88,8% e 88,6% para CyriPanel versus 67,7% e 71,6% para Aldy 4, com diferenças concentradas em haplótipos portadores de três ou mais cópias gênicas. As comparações foram descritivas. Painéis de referência maiores aumentaram o tempo de execução sem ganho detectável em concordância. Estes achados suportam a genotipagem do CYP2D6 no painel de captura avaliado. Diplótipos ambíguos e estimativas de número de cópias limítrofes permanecem limitações, e o desempenho em outros projetos de captura requer avaliação. A avaliação utilizou linhas celulares de referência e não avaliou a validade clínica. Os softwares, registros de avaliação e leituras brutas estão disponíveis publicamente.