A metagenômica viral de captura híbrida de curta e longa leitura atinge alta sensibilidade e especificidade com recortes direcionados aos dados em comparação com diagnósticos de rotina em amostras de LCR e LBA

O que aconteceu

Hybrid-capture viral metagenomics improves sensitivity over untargeted metagenomics, but its performance across sequencing platforms and the definition of data-driven analysis cut-offs using real clinical samples have not been systematically evaluated. This study benchmarks the hybrid-capture workflow on mock and clinical specimens across short- and long-read platforms while introducing a new, reproducible approach for setting pathogen-calling cut-offs. The Twist Comprehensive Viral Research Panel was used with both AVITI short-read and Oxford Nanopore Technologies (ONT) long-read sequencing on 12 mock cerebrospinal fluid (CSF) external quality assessment (EQA) panel samples and on 14 CSF and 21 bronchoalveolar lavage (BAL) clinical specimens. Data-driven cut-offs for pathogen calling were derived using Latin hypercube sampling across genome coverage, abundance, and bleed-ratio parameters, then validated on the independent EQA datasets.

Trecho mantido em inglês: a tradução automática não passou na conferência de números.

O que encontraram

Após aplicação de corte, ambas as plataformas detectaram 22 de 23 alvos virais esperados em amostras de EQA (95,7% sensibilidade nível de detecção) com 100% de especificidade em controles negativos. Em espécimes clínicos, a AVITI corroborou 26 de 30 (86,7%) e a ONT 25 de 30 (83,3%) detecção viral de rotina, mantendo 100% de especificidade diagnóstica. A sensibilidade foi de 100% para o LCR, mas menor no LBA, particularmente para alvos de baixa carga viral, e todas as detecçãos abaixo de um valor Cq de 32 foram identificadas por ambas as plataformas. A metagenômica também identificou um patógeno potencialmente clinicamente relevante não testado por testes de rotina em duas amostras de LCR.

Por que isso importa

Metagenômica viral de captura híbrida realizada de forma comparativa em AVITI e ONT para alvos virais de rotina, com AVITI mostrando recuperação do genoma ligeiramente maior. Além disso, a nova estratégia de seleção orientada para dados oferece um método prático e reprodutível que outros laboratórios podem aplicar aos seus próprios fluxos de trabalho.